De nombreuses études semblent établir un lien entre notre alimentation et l’apparition de certaines pathologies. Un des principaux facteurs explicatifs serait une exposition répétée à de faibles doses de contaminants toxiques via les aliments. Il s’agit soit de micropolluants accumulés par les végétaux ou les animaux au cours de leur production puis transférés dans les produits alimentaires dérivés soit de composés néoformés lors des procédés de transformation des matières premières agricoles. L’évaluation du risque chimique associé à la présence de ces contaminants dans nos aliments est donc un enjeu majeur pour la recherche agronomique. Elle nécessite de déterminer les quantités de substances toxiques assimilées par l’organisme du consommateur. Jusqu’à aujourd’hui, cette estimation repose le plus souvent sur une quantification des contaminants co-ingérés avec les aliments sans prendre en compte les éventuels effets modulateurs de la digestion pourtant démontrés sur les nutriments ou les médicaments. Après un bref rappel des principaux contaminants susceptibles d’être retrouvés dans nos aliments, cet article montre en quoi le développement de nouveaux outils d’investigation du tractus digestif peut permettre de mieux évaluer le risque lié à l’exposition alimentaire aux contaminants. Il montre également l’intérêt d’étudier plus avant les interactions entre ces contaminants et le microbiote intestinal.